Это не критическая ошибка базы данных, а логическое поведение программы, связанное с хронологией ввода документов.
Отрицательные суммы формируются в отчете о розничных продажах и отображаются в движениях по регистру накопления «Книга учета доходов и расходов (Раздел 1)

Основная причина возникновения минусовых сумм — временное несоответствие дат:
Поступление на расчетный счет с видом операции «Оплата по платежным картам» проведено раньше, чем Отчет о розничных продажах, к которому оно относится.
В такой ситуации программа сталкивается с проблемой:
1.       Деньги на счет поступили, но документа-основания (отчета о продажах) еще нет.
2.       Программа не может корректно вычислить НДС, который по правилам УСН должен быть исключен из доходов.
3.       Вся поступившая сумма признается программой как «аванс» (условно, так как для эквайринга это технический термин).


Когда вы наконец вводите и проводите «Отчет о розничных продажах», программа выполняет «закрытие» этого условного аванса. Она вычитает из ранее учтенного аванса сумму реализации и одновременно вычисляет НДС, который должен был быть исключен из этого аванса. В итоге, в разрезе регистра формируется сторнирующая (минусовая) сумма — это и есть ваш скорректированный доход.

Если в движениях регистра в качестве документа расчётов будет «Поступление на расчётный счёт», а не «Отчёт о розничных продажах» — это прямое подтверждение того, что программа классифицировала сумму как аванс и впоследствии скорректировала его. В корректной ситуации в движениях этого регистра не должно быть документа «Поступление на расчётный счёт».